Qu'est-ce qu'une thèse ?

6 décembre 2016


Je me suis rendue compte que pour beaucoup de gens, le quotidien d’un(e) doctorant(e) en thèse restait relativement obscur.

Normal, vu le statut un peu bâtard et, somme toute, assez rare de cette position qui joue à la fois le rôle de premier emploi, mais aussi de formation et de plus haut diplôme de l’enseignement supérieur français. Je me suis donc dit qu’un petit article sur la question pourrait mettre tout cela un peu plus en lumière aussi bien pour les curieux que pour les aspirants thésards ! 




Je vais vous raconter cette expérience vue de l’intérieur mais en ciblant sur le domaine de l’éthologie, l’étude du comportement animal, car c’est mon domaine et le seul que je connaisse réellement. L’idée est donc de vous parler généralement des thèses en éthologie en France (à l’étranger, c’est une autre histoire), avec quelques exemples concrets issus de mes propres expériences.


Cependant, et avant de rentrer dans le vif du sujet, il vous faut savoir que des thèses, il y en a tout un tas ! Mathématiques, sociologie, économie, biologie, histoire, langues, philosophie, génétique, littérature, etc... Les thèses vétérinaires et de médecine sont un peu particulières. Elles marquent l’aboutissement d’une étude de courte durée, qui prend le plus souvent la forme d’un rapport bibliographique. Elles viennent couronner un cursus de 10 ans environ, mais restent un travail annexe, à rendre à la fin en guise de cerise sur le gâteau. Alors que pour les autres doctorants, la thèse est l’objectif ultime de l’ensemble de leur recherche, qu’ils auront mené âprement par eux même, de A à Z.

Une thèse de doctorat est à la fois l’équivalent d’un Contrat à Durée Déterminée de 3 ans mais désigne aussi le diplôme délivré à l’issue de cette dangereuse entreprise ! Un thésard, au début de sa thèse obtient une allocation doctorale (ou « bourse »), ce qui va lui permettre de toucher un salaire mensuel de 1400 euros nets environ pendant 3 ans. Celle-ci lui est accordée le plus souvent par le ministère de la recherche et de l’enseignement supérieur via l’université auprès de laquelle il est rattaché. Les bourses sont obtenues sur concours et la sélection est intense et rude. Le doctorant a donc à la fois le statut de salarié mais aussi d’étudiant. En effet, à chaque rentrée universitaire, il doit s’acquitter des droits d’inscriptions à l’université et ce jusqu’à la fin de sa recherche. Et comme tout étudiant, il doit assister à un certain nombre de formations et valider des « crédits ». 

Ce double statut d’étudiant et de salarié est souvent à l’origine de petits quiproquos et autre tracas pour obtenir sa carte de resto U à la fac (« Mais vous êtes enseignant ou étudiant à la fin ?» « Bah…les deux en fait… »), les bourses auprès de la CAF, pour obtenir une affiliation à la sécurité sociale ou juste pour être pris au sérieux lors des repas de famille de Noël (« Alors ? 28 ans et encore étudiant ? Et c’est quand que tu te mets à travailler en fait ?»)

A l’issue de sa thèse, l’étudiant est évalué sur la rédaction d’un manuscrit d’environ 300 pages qui fait état de l’avancement de ses recherches et il obtient le titre de docteur en éthologie à l’issue d’une soutenance orale de 45 minutes devant un jury composé de chercheurs de sa discipline.

Mais, concrètement, un doctorant, qu’est-ce que ça fait de ses journées ?

Quelles sont les différentes tâches du doctorant ?

Elles sont bien entendu assez diverses et c’est là ce qui fait tout le sel du métier. Pas une journée ne ressemble à une autre !

Le but principal du thésard, c’est bien entendu de mener à bien sa thèse.

Plusieurs grandes étapes, qui sont les mêmes que celles de la démarche expérimentale, se détachent alors pour mener à bien cette lourde tâche :


1. La recherche bibliographique

Pour se mettre à jour sur toutes les dernières découvertes dans son domaine, il faut lire ce que les autres chercheurs ont déjà pu faire de leur côté. C’est une étape cruciale pour s’assurer que l’on ne va pas trop dans le mur et pour ne pas dupliquer quelque chose qui a déjà été fait (ou qui a été avéré ne jamais fonctionner dans les conditions que vous voulez tester). Cette phase se fait donc le plus souvent en solitaire, en fouillant sur internet ou dans des revues scientifiques, et majoritairement, dans la langue de Shakespeare, car tous les résultats d’études sont publiés en anglais pour être accessibles au plus grand nombre de lecteurs à travers le monde.


Le but principal de cette première investigation est de définir les grands axes de la recherche à venir, de dégager les questions auxquelles on veut répondre et de formuler des hypothèses relatives à ces questions. Vaste entreprise ! Il s’agit alors de mettre au point des protocoles, créer des expériences qui vont permettre de trouver des réponses à nos interrogations.

Concernant mes propres recherches, je cherche à savoir si l’empathie existe chez les perruches calopsittes, une espèces de la famille des perroquets, réputés pour leur intelligence. Et comme j’ai lu plusieurs études qui vont dans ce sens, j’aimerai démontrer que le lien affectif chez mes oiseaux va influencer leur comportement. L’une de mes expériences va viser à évaluer si un animal va davantage réagir au cri de détresse d’ un proche avec lequel il passe beaucoup de temps qu’à celui d’un autre animal du groupe avec lequel il ne partage pas de lien affectif. Il me faut donc imaginer une façon de tester ça.

2. L’expérimentation

La phase expérimentale est la vraie partie pratique. Il y a autant d’expériences que de questions à résoudre, donc autant dire que l’éventail est large ! On peut par exemple diffuser un chant à un oiseau et regarder s’il est capable de l’apprendre, observer comment il y répond selon qu’il l’ait déjà entendu auparavant ou non, calculer le temps qu’un autre animal va mettre pour apprendre une association d’images, mettre un GPS sur un animal pour voir quelle est la taille de son territoire et ses déplacements, mettre un animal face à un choix entre deux aliments ou deux congénères et voir lequel il préfère, etc… On va alors avoir recours à plusieurs outils. 




Dans mon cas de figure, je filme les animaux pour observer leur comportement. J’ai parfois recours à quelques dispositifs supplémentaires. J’ai par exemple placé les oiseaux dans un caisson acoustique pour leur diffuser le cri d’un de leur congénère afin d’observer leur réponse à cette stimulation. L’objectif était de tester s’ils étaient plus inquiets selon l’identité de l’émetteur du cri. Dans ce cas-là, j’ai donc dû enregistrer en amont le cri des oiseaux, puis le diffuser via une enceinte dans ces fameux caissons isolants et enregistrer les cris de mes sujets via un micro et filmer l’intégralité de l’expérience.

3. L’analyse

Une fois l’expérience réalisée s’ensuit donc une phase longue et fastidieuse où l’on regarde toutes les vidéos et où l’on compte et chronomètre tous les comportements qui nous intéressent.

Pour mon expérience de diffusion de cris, j’ai ainsi regardé plusieurs comportements associés au stress des oiseaux : le nombre de déplacements, leur proximité ou non avec le haut-parleur qui diffusait le cri, les cris qu’ils émettaient ou le fait qu’ils hérissent leurs crêtes. Toutes ces informations sont ensuite rentrées avec minutie dans de beaux tableaux sur ordinateur. Les tests statistiques qui suivent vont ensuite me permettre d’infirmer ou non les hypothèses que j’avais formulé avant l’expérience.

Et une fois toutes ces données collectées, afin de s’assurer que ce que l’on observe est bien valide on doit faire des tests statistiques

Par exemple si j’observe que 9 oiseaux sur 12 réagissent quand ils entendent le cri d'un proche, je serai tentée de penser que c’est une généralité: que toutes les sujets de mon étude réagissent au son d'un proche, par rapport à celui d'un autre individu. Or, puisque je n’ai testé que 12 individus, et qu'il y a beaucoup de variabilité d'un animal à l'autre (certains vont réagir très fortement, d'autres pas du tout, d'autres un peu seulement...), les statistiques vont me permettre de dire si ce que j'observe est une tendance assez répandue pour que je la généralise à tous mes individus, ou non

C’est un peu l’agent de police qui valide ce que vous pouvez ou non tirer comme conclusion à partir de vos résultats. Et c'est souvent là que le bas blesse. Peu de doctorants reçoivent une solide formation en la matière et ils doivent un peu apprendre sur le tas à utiliser les bons tests et les logiciels appropriés.
                             
4. L’écriture

Quand les résultats sont enfin acquis et interprétés, il faut le faire savoir au reste de la communauté scientifique. Le monde doit savoir ! Il faut alors prendre son courage et son clavier à deux mains et écrire un article scientifique. Cela correspond à une sorte de rapport qui résume et explique en détail tout le travail.

Tous les articles scientifiques sont rédigés en anglais et ont très souvent la même structure. Une introduction rappelle d’abord les travaux antérieurs et le cadre théorique, le matériel et méthodes définit ensuite en détail le protocole suivi lors de l’expérience (sur quelle durée, avec combien de sujets, de quelle espèce, dans quelle condition d’hébergement, de nourriture, avec quels outils, etc…). Cette partie doit être si limpide que tout le monde doit être capable de reproduire votre expérience à partir de ces informations. Puis vient la partie résultats avec ses graphiques. Et enfin, pour finir, arrive la discussion dans laquelle vous replacez les résultats dans leur contexte bibliographique ; En quoi vos résultats vont ou non dans le sens de ce que vous attendiez, représentent-ils une avancée par rapport à ce que d’autres chercheurs avaient trouvé avant vous ? Quelle autre recherche pourrait-on mener pour approfondir le sujet ? Et paf, conclusion, ouverture et expliquez en quoi vos travaux sont cruciaux pour l’avenir de l’humanité. En gros.

 
 
Les articles scientifiques sont publiés dans des journaux scientifiques. Une fois l’article rédigé, il est envoyé pour approbation dans un journal, qui est plus ou moins difficile d’accès. On parle de « facteurs d’impact ». Plus votre journal va être généraliste et lu par une large communauté de scientifiques venant de domaines variés, plus son impact est fort et plus il est difficile d’y être accepté. C’est le cas de Science et Nature, les deux journaux qui sont les plus lus. Quand vous envoyez votre article, il est évalué par un jury anonyme de relecteurs (le "comité de lecture"), spécialistes dans votre discipline et qui acceptent ou non que vos recherches soient publiées dans le journal.
Ce processus de relecture entraîne des modifications plus ou moins importantes du manuscrit, avant publication définitive de l’article. Comptez quand même plusieurs mois voire même une année, avant que l’article ne soit publié. Mais c’est sur le nombre d’articles scientifiques publiés qu’est évaluée la qualité d’un chercheur. Autant dire que c’est l’étape la plus importante de la thèse, même si elle est semée d’embûches.


Il existe plusieurs types de manuscrit de thèse, mais celui qui et le plus valorisé est
une thèse « sur articles » justement, où le manuscrit final se compose en fait d’une succession d’articles scientifiques complétés par une introduction et une discussion générales. Concrètement une thèse sur article, ça ressemble à ça, alors qu'une thèse "classique" entièrement rédigée dans la langue du doctorant, et sous forme de chapitres thématiques, ça ressemble plutôt à ça.

Mais ce n’est pas tout. Le doctorant a encore d’autres missions à mener à bien !
Selon les unités, les laboratoires et les doctorants, deux grandes tâches annexes apparaissent.

5 . L'enseignement

Tout le monde n’en a pas l’opportunité, mais il peut arriver que le thésard soit amené à donner des cours à la fac. Bien que cela soit très chronophage, il est souvent bien vu d’avoir une expérience en tant qu’enseignant dans sa formation. En effet, pour un jour espérer accéder au poste de maître de conférence (le sacré Graal de l’aspirant chercheur), ouvert sur concours, il faut bien entendu avoir publié des articles scientifiques, mais il faut aussi avoir enseigné un certain nombre d’heures auprès d’élèves à l’université.




La chose n'est pas aisée.
J’ai la chance pour ma part d’avoir de gentils collègues qui me prêtent leurs notes et leurs présentations Powerpoint. Mais on est généralement catapulté devant une classe sans avoir été formé pour. Selon les universités, il est possible, pendant la thèse d’avoir des « avenants » et d’enseigner 64 heures par an. Quand la thèse n’est pas bouclée en 3 ans, il est parfois possible de décrocher un poste d’Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche (ATER) de 192 heures d’enseignement par an. Dans ce cas de figure, ce contrat- là, bien qu’il prenne beaucoup de temps, permet de rester au sein de son unité, d’être payé (parce que manger, c’est parfois pratique) et de tenter tant bien que mal de rédiger sa thèse dans ses à côté.

Les matières enseignées peuvent être variées. Elles sont habituellement relativement proches du domaine de recherche du doctorant, mais pas toujours. 

Pour ma part, j’ai donné des cours de biologie générale aux master 1 et 2 de futurs professeurs des écoles, des travaux pratiques aux étudiants en 3e année de licence de psychologie ou encore des travaux dirigés de biologie générale et de génétique à des 1ère années de licence de psychologie également. Un peu de tout, comme je disais ! Mais, bon gré, mal gré on élargit notre spectre de compétences.

6.  La vulgarisation des résultats et leur présentation en colloque 

Plusieurs fois par an se tiennent des colloques. Ce sont des grands rassemblements de chercheurs d’un domaine précis, au cours desquels, ceux qui le souhaitent viennent présenter leurs résultats à leurs confrères et consœurs. Pour le domaine du comportement animal pur et dur, on a la Société Française du Comportement Animal (SFECA) qui organise en France, tous les ans un rassemblement. On trouve ensuite, au niveau européen la Conférence Européenne de Biologie Comportementale (ECBB en Version originale) qui a lieu tous les deux ans, en alternance avec le plus gros congrès international, qui cette fois, réunit des chercheurs du monde entier et que l’on désigne sous le sigle de Conférence Internationale d’Ethologie (IEC). La zone géographique du congrès change à chaque édition. La dernière ECBB a eu lieu à Vienne en Autriche, et la dernière IEC à Cairns, en Australie et la prochaine, cet été aura lieu au Portugal, à Estoril. Cela permet de voir du pays ! Habituellement, ces rassemblements se déroulent sur 3 à 5 jours et des sessions thématiques sont organisées (apprentissage, communication vocale, soin parentaux, sélection sexuelle, communication homme-animal…) au cours desquelles une sélection de scientifiques vient présenter l’avancée de leur travaux. 

Ces présentations peuvent prendre deux formes :

     - soit sous forme de présentations orales de 15 à 20 minutes habituellement (les "talks"), ou de conférences plénières d’1h, réservées aux grands pontes de la discipline

      - soit sous la forme de posters, qui sont, comme leur nom l’indique, des affiches papiers de format A0 (84 x 118 cm) sur lesquelles on peut lire le détail d’un projet futur ou les résultats préliminaires d’une étude. L’auteur de la recherche attend sagement devant son poster, un verre à la main, pour donner des détails aux lecteurs intéressés, pour convaincre de l’intérêt de son étude, et, bien entendu, se faire des contacts. Car le réseau est un point crucial pour se faire connaître des autres chercheurs et décrocher un autre contrat après la thèse.




 
Et voilà ! Vous savez tout !

C’était une longue présentation, mais maintenant, normalement vous savez  en quoi consiste une thèse et ce que font réellement les apprentis-chercheurs quand ils cherchent ! Pour de plus amples détails sur les méandres des écoles doctorales, sur les concours et les généreux mais pointilleux mécènes qui délivrent des bourses de thèse, n’hésitez pas à me contacter et à me poser des questions. S’il y a un intérêt sérieux pour la chose parmi vous, ami lecteurs, Je rédigerai peut être un petit memo sur la question

En attendant, prenez soin de vous  et à la prochaine ! 

Et pour aller plus loin, quelques liens :

- Les archives des thèses vétérinaires soutenues en France depuis 1998 classées par école. 

- le site qui recense toutes les thèses passées, en cours et à venir préparées en France, tous domaines confondus.

- "Ma thèse en 180 secondes", le concours qui encourage le doctorants à vulgariser leurs recherches !  

-"Ciel mon doctorat", le site participatif et humoristique qui dépeint le quotidien des thésards, le plus souvent aux bords de la crise de nerfs. 


- Une interview de Tiphaine Rivière, l'autrice de la bande dessinée "Carnets de thèse" qui dépeint le quotidien et les aléas d'une thésarde en littérature.

Babillages:

  1. Très bon article !
    Il faut aussi signaler que ça paraît insurmontable et qu'une fois que c'est fait, on en est content et on oublie (un peu) la douleur :)
    Bon courage
    Melliflueee / Coralie

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    1. J'espère que tu as raison ! Je raconterai si je survis, et dans quel état j'errerai. Merci du soutien !

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  2. Hey ! Bonne idée d'article, et très chouettement rédigé :) C'est à la fois très semblable et totalement différent de mon "quotidien" de doctorante en civilisation hispanoaméricaine, et de ceux de mes camarades en philo, lettres ou info... (oh lala et les thèses de 146 / 220 pages, c'te blague :p )

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    1. Nous, c'est habituellement 300, mais pas au dessus, faut pas rigoler quand même ! Le caca d'oiseaux compense bien 200 pages :) Mais oui, je trouve ça toujours bien de confronter les avis et ressentis des doctorant(e)s de toutes disciplines. Merci darling, je suis toujours ravie de voir que tu continues à me lire !

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  3. There is definately a lot to know about this topic. I like all of the points you've made.

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    1. I think, most of non-scientist people really don't know what a normal day at the lab looks like. The good thing is, with animals and ethology, we study more "concrete" things than in molecular biology or genetic. It is easier to do outreach and to explain exactly what we are looking for to other people. But, definitely, in France phD students every-day routines are still very mysterious for most of the persons I know. I just wanted to clarify, as much as I could with funny drawings of cute magpies. I hope I have succeeded ! Thank you very much for your nice comment !

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  4. This is a topic which is near to my heart... Best wishes!
    Where are your contact details though?

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